Vanaf eind augustus tot in oktober verschijnen de zwart-glanzende bessen in trossen aan de bloemschermen. De bessen worden door vogels gegeten die daarmee de belangrijkste verspreiders van de vlier zijn. De buigzame takken van de vlier hangen vaak ver door onder het gewicht van de bessen.
Het oogsten van vlierbessen kan uitsluitend handmatig geschieden. De vlier laat zich niet “schudden” zoals vele andere vruchtbomen, omdat de vlier daarvoor te oppervlakkig wortelt. De bessen worden met zo weinig mogelijk stelen geplukt, omdat deze licht giftig zijn. Wie vlierbessen plukt neemt onherroepelijk oorwurmen mee. Deze bevinden zich in groten getale in vlierstruiken. De jonge takken met nog veel zacht merg van binnen werden in boomgaarden wel gebruikt om oorwurmen te vangen, door ze deels van merg te ontdoen en dan met het snijvlak naar beneden op te hangen. Geen oorwurm kan dat weerstaan.
De 6-8 mm dikke bessen zijn eigenlijk kleine steenvruchtjes, met 3 pitten. Het zijn deze pitjes die het lastig maken de hele bes te verwerken. Om deze reden levert Culibes liever bessengelei dan bessenjam. Het pure sap van de bessen heeft een heel typische, voor de vlier kenmerkende smaak. Hoewel de bessen een behoorlijke hoeveelheid suikers (> 100 gr/l) en zuren (tot zo’n 12 gr/l) bevatten smaakt het ruwe sap toch iets weeïg, hetgeen mede veroorzaakt wordt door een relatief hoge pH waarde. Na verwerking tot bijvoorbeeld siroop of gelei is dat effect verdwenen. Het vinificeren van vlierbessen is wat lastig, maar vlierbessenwijn heeft als beloning een bijzonder smaakkarakter. De bessen bevatten een grote hoeveelheid paars-zwarte kleurstof die onder meer in de (voedings-)industrie gebruikt wordt.
Vlierbessen bevatten verder veel vitamine A, B6 en C, almede mineralen als calcium, kalium, fosfor, natrium, magnesium en ijzer, wat zink, koper en selenium. Veel gezondheidsclaims t.a.v. de vlierbes hebben te maken met de grote hoeveelheid anthocyanen (krachtige anti-oxydant) in de bessen. Er dient echter ook gewezen te worden op het feit dat de meeste delen van de Sambucus nigra het z.g. sambunigrine bevatten, hetgeen licht giftig is. Gelukkig wordt dit sambunigrine geneutraliseerd door verhitting.